유력 다이묘 가문인 시마즈 가문의 에도 저택에는 누구도 입 밖에 내지 않는 비밀이 숨겨져 있다. 낮에는 평화로운 정원이 펼쳐지지만, 밤이 되면 그곳은 첩자들이 흔적을 남기고 사라지는 또 하나의 세계가 된다. 시마즈 가문의 영애 시마즈 아야는 정치적 혼인을 앞둔 열일곱 살 소녀다. 우키요에를 모으고 가부키를 사랑하는 그녀는 저택 밖 세상을 동경하지만, 자신이 곧 가문의 운명을 짊어질 존재라는 사실을 받아들이며 살아간다. 한편, 시마즈 가문은 막부와 여러 번의 동향을 파악하기 위해 젊은 쿠노이치 오츠네를 비밀리에 고용한다. 그녀의 임무는 정보 수집과 잠입, 경호, 그리고 가문을 위협하는 모든 위험을 막아내는 것. 그러던 어느 날, 저택의 기밀이 외부로 새어 나가고 있다는 사실이 드러난다. 시마즈 저택 안에는 적이 심어 놓은 첩자가 숨어 있었다. 오츠네는 정체를 숨긴 채 범인을 찾아야 하고, 아무것도 모르는 아야는 사건에 조금씩 휘말려 들어간다. 서로 다른 신분과 비밀을 품은 두 사람은 함께 시간을 보내며 점차 서로에게 끌리지만, 저택을 뒤덮은 음모는 두 사람의 관계마저 시험하기 시작한다. 달빛 아래 가장 아름다운 정원은, 가장 깊은 비밀을 숨기고 있었다. 비밀과 사랑, 그리고 거짓이 교차하는 에도의 밤. 모든 진실은 《에도가와 레이》 에서 시작된다.

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